Im Marienkrankenhaus hat der Umweltschutz im Bereich der Abfallentsorgung einen sehr hohen Stellenwert. Es werden 45 Abfallarten getrennt gesammelt und einem Recycling oder einer Verwertung zugeführt.

Die besten Ergebnisse werden bei der Sammlung der Abfälle zur Verwertung bei Papier, Pappe und Glas erzielt. Glas wird zudem nach Bunt- und Weißglas getrennt gesammelt. Hausmüllähnliche Abfälle, die sich nicht trennen lassen, werden möglichst umweltfreundlich entsorgt. Entsprechend einer Vereinbarung mit der Stadtreinigung werden keine Abfälle deponiert, sondern ausschließlich der Verbrennung zugeführt und leisten so noch einen Beitrag zur Erzeugung von Fernwärme.

Problemabfälle, wie zum Beispiel liquide Laborabfälle oder infektiöse Organabfälle, werden in speziellen Verbrennungsanlagen, nach dem heutigen Stand der Wissenschaft und Technik, vernichtet.